W wielkoczwartkowe przedpołudnie we wszystkich kościołach katedralnych odprawiana jest tzw. msza krzyżma (olej poświęcony podczas tej mszy świętej nazywa się w języku łacińskim chrisma). Liturgii tej przewodniczy biskup. Koncelebrują księża, reprezentujący całą diecezję; odnawiają oni swe przyrzeczenia złożone w czasie święceń kapłańskich. Podczas mszy poświęcone zostają oleje, potrzebne do udzielania sakramentów oraz do konsekracji kościołów lub naczyń liturgicznych. W pozostałych świątyniach odprawia się w Wielki Czwartek tylko jedną/ wieczorną mszę z udziałem wszystkich miejscowych kapłanów. Jest to tzw. msza Wieczerzy Pańskiej, która rozpoczyna przeżycia Triduum Paschalnego

W czasie mszy Wieczerzy Pańskiej liturgia słowa przypomina przekazane Mojżeszowi Boże zalecenia, dotyczące przygotowania pierwszej uczty paschalnej, spożywanej jeszcze w niewoli egipskiej, oraz nakaz corocznych obchodów święta (Wj 12,1-8.11-14). Drugie czytanie, zaczerpnięte z Pierwszego Listu do Koryntian, zawiera świadectwo świętego Pawła o ustanowieniu sakramentu Eucharystii w czasie Ostatniej Wieczerzy (l Kor 11,23-26). O wydarzeniach, które dokonały się w Wieczerniku, opowiada fragment Ewangelii według św. Jana (J 13,1-15), opisujący Chrystusowy akt pokornej miłości, wyrażający się umyciem nóg dwunastu apostołom. Swą posługę Jezus skomentował słowami:

„Dałem wam bowiem przykład, abyście i wy tak czynili, jak Ja wam uczyniłem" (J 13,15). Bezpośrednio po wielkoczwartkowej liturgii słowa następuje zatem obrzęd obmycia nóg dwunastu chłopcom lub dojrzałym mężczyznom; odziany na biało kapłan polewa wodą ich stopy i ociera je ręcznikiem. Gest ten nie jest tylko naśladowaniem wzoru Chrystusa; symbolizuje on czynne włączenie się w Bożą miłość. Łacińska nazwa ceremonii — mandatum — oznacza 'przykazanie' i odnosi się właśnie do przykazania miłości bliźniego. Warto wiedzieć, że obrzęd obmywania nóg praktykowany był jako wyraz gościnności w niektórych wspólnotach zakonnych, kierujących się regułą świętego Benedykta.

Liturgia eucharystyczna Wielkiego Czwartku upamiętnia moment ustanowienia Najświętszego Sakramentu — przeistoczenia chleba i wina w Ciało i Krew Chrystusa. Ewangelia według św. Łukasza tak opisuje owo wydarzenie: „Następnie wziął chleb, odmówiwszy dziękczynienie połamał go i podał mówiąc: «To jest Ciało moje, które za was będzie wydane: to czyńcie na moją pamiątkę!" Tak samo i kielich po wieczerzy, mówiąc: «Ten kielich to Nowe Przymierze we Krwi mojej, która za was będzie wylana»" (Łk 22,19-20). Prawo składania ofiary w imieniu społeczności wiernych Jezus przekazał apostołom i ich następcom; w ten sposób ustanowiony został także sakrament kapłaństwa. Słowa konsekracji, wypowiadane przez kapłana w czasie każdej mszy świętej, posiadają moc sprawczą. Na ołtarzach całego świata ponawiany jest cud Eucharystii. Dopełniają się również zapowiedzi Starego Testamentu. Ofiara w postaci chleba i wina nawiązuje do izraelskiej uczty paschalnej. Podobnie jak krew baranka ocaliła domy żydowskie od dotknięcia śmierci, tak i Krew Chrystusa chroni wierzących przed wieczną zatratą. Analogię tę podkreśla sąd Jana Chrzciciela o Chrystusie, zapisany w Ewangelii według św. Jana: „Oto Baranek Boży, który gładzi grzech świata" (J 1,29).

Po uroczystej komunii świętej wiernych Najświętszy Sakrament zostaje przeniesiony do specjalnie przygotowanego tzw. kaplicy adoracji. Obrzęd ten, zrytualizowany w XII wieku, zapowiada przeżycia, związane bezpośrednio z misterium Męki Pańskiej. Polska tradycja religijna nazywa omawianą ceremonię przeniesieniem do ciemnicy, symbolizującej trudny czas Chrystusowej modlitwy w Ogrójcu, a przede wszystkim zniewagi doznawane podczas przesłuchania. Gaśnie wieczna lampka, płonąca przez cały rok przy tabernakulum. Już wcześniej, po odśpiewaniu na początku mszy Wieczerzy Pańskiej hymnu Chwała na wysokości Bogu, milkną dzwony i dzwonki, a niekiedy również organy. Dzwonki zastępuje się stukotem drewnianych kołatek. Na znak osamotnienia Chrystusa, opuszczonego przez najbliższych, z ołtarza zdejmuje się obrusy. Zwyczaj ten pochodzi z czasów, gdy do sprawowania mszy używano przenośnych stołów; nieco później, do przełomu VII i VIII wieku, obrusy pozostawały na ołtarzu tylko podczas liturgii. Gest obnażenia ołtarzy (łacińskie denudatio altaris) przypomina również upokarzający epizod, poprzedzający moment ukrzyżowania Chrystusa — obdarcie z szat. Ofiara Ciała i Krwi dopełniona zostanie na krzyżu.